パッケージ名が変更されたようです。
emerge -pv qemu-kvm
qemu-kvmにアップデートしたら /usr/bin/kvm がなくなってしまいました。libvirt XMLを変更したくないので、kvmという名のラップシェルを置きました。
exec /usr/bin/qemu-system-x86_64 -enable-kvm "$@"
試していませんが、enable-kvmを付けなくてもKVMは有効になるかもしれません。ちなみに、qemu-system-x86_64 ではなく qemu だと64bitになりませんでした。