想定通りでした。インスタンスのmeta classにクラスをmix inした場合は、そのインスタンスのみに影響します。
class X { def x() { 100 } } class Y { def y() { 200 } } def x1 = new X() x1.metaClass.mixin Y println x1.x() // -> 100 println x1.y() // -> 200 def x2 = new X() println x2.x() // -> 100 println x2.y() // -> groovy.lang.MissingMethodException: No signature of method: X.y() is applicable <200b>```